病理生理学系是在上海第二医科大学基础欧洲杯竞猜平台病理生理学教研室的基础上发展而来。该教研室于1956年建立。1977-1989年间，上海第二医科大学校长王振义教授（1992年任法国科学院外籍院士，1994年任中国工程院院士，获得2010年度国家最高科学技术奖）担任教研室主任，相关工作先后获得了上海市科学技术进步二等奖、中医药科技进步三等奖、上海市卫生系统“银蛇奖”等一批科技奖项，该学科也于1984年成为首批上海市地方高校重点学科。2000年该学科成为博士点学科。2002年，国家杰出青年基金获得者、上海市十大杰出青年陈国强教授（2015年任中国科学院院士）担任学科带头人，开始新一轮的以内涵建设和创新人才培养为核心的学科建设。致力于白血病细胞分化和凋亡化学生物学研究，成为211工程重点建设学科和国家重点学科，并获得“全国工人先锋号”、“上海市教育系统文明组室”、“上海市文明班组”、“上海市劳模集体”等称号。2018年钟清研究员在病理生理学教研室的基础上正式成立病理生理学系并担任系主任。

系主任全面负责实验室的总体运行，实行民主管理、研究组长负责制，制定学科发展计划，对各研究组在人才培养、科研投入、科研产出等方面实现目标责任制。目前，本系在职人员55名，70%以上拥有博士学位和海外工作经历，16名PI（正高职称19名），副高职称10名。中国科学院院士1人，国家高层次人才计划3人，国家高层次人才计划青年项目5人，上海市高层次人才2人，国家杰出青年科学基金获得者3人，国家自然科学基金委优秀青年基金获得者3人。

病理生理学系围绕肿瘤细胞命运决定的医学生物学研究及靶向治疗等方向，开展多学科交叉，系统开展细胞死亡与生存，肿瘤微环境以及小分子药物治疗的基础和转化医学研究。先后承担包括国家科技部十二五支撑计划、“973”计划和“863”计划、国家自然科学基金重大集成、重点、面上项目和上海市科研项目等200余项，取得系列重要发现，在国际权威学术刊物Nature、Cell Metabolism、Cancer Cell、Nature Chemical Biology、Nature Cell Biology、PNAS、Blood等发表SCI论文300余篇，并获得国家自然科学二等奖、中华医学科技一等奖、上海市科技进步一等奖、上海市自然科学一等奖等奖项。授权数十项发明专利。期间，病理生理学系共培养了120余位硕、博士研究生，并有多名学生获国家及地方优秀研究生奖励。