肿瘤细胞的基因组变异导致相应蛋白序列改变。突变的蛋白被降解为短肽,并被MHC分子呈递至细胞表面,形成新抗原。新抗原为后天产生,无免疫耐受效应,可以有效激活T细胞的反应;并且它只存在于肿瘤细胞,靶向新抗原的毒副作用小,因而以新抗原为基础的生物标志物(例:TMB)和治疗方案(例:肿瘤疫苗)被广泛应用于癌症研究中。然而,目前的新抗原研究局限于SNV和Indel,更多类型的新抗原亟待研究。
2024年4月11日,北京大学数学科学学院、统计科学中心长聘副教授、研究员席瑞斌老师应邀莅临欧洲杯竞猜平台临床研究中心并作题目为“结构变异新抗原及三代测序数据分析”的讲座。在讲座中,席老师介绍了他和团队共同开发的基于结构变异预测新抗原的方法NeoSV,分析了2534个肿瘤全基因组结构变异数据,结构变异产生大量新抗原,高频新抗原或可用于肿瘤疫苗制备,基于结构变异的新抗原负荷可能是更好的生物标志物。随后,席老师还向与会者讲述了三代转录组分析工具和单细胞基因融合,令与会者受益匪浅。