1. 内科学
消化系病　研究方向：肝纤维化的防治；肠易激综合征的诊断和治疗；慢性肝炎和肝硬化及其并发症的研究；胃肠疾病防治；重症胰腺炎的发病机制及治疗
传染病　研究方向：慢性肝病的基础与临床；病毒性肝炎的发病机理与治疗
心血管病　研究方向：冠心病介入治疗；高血压相关基因研究；动脉粥样硬化和冠心病的诊治
血液病　研究方向：白血病发病和治疗机制研究；血栓与止血；血液系统恶性肿瘤诱导分化、凋亡机理研究
内分泌与代谢病　研究方向：糖尿病及其并发症致病机理和防治研究；肥胖及2型糖尿病机理及治疗研究；用内分泌手段研究中医理论及中西医结合治疗机理
肾脏疾病　研究方向：肾小管间质疾病发病机制及干预治疗研究；肾损伤的防治
风湿病　研究方向：系统性红斑狼疮临床及发病机理的研究

2. 外科学
普外　研究方向：胃癌外科综合治疗的基础与临床研究；急性胰腺炎和胰腺癌诊治的研究；门静脉高压的临床及血液动力学研究；肝移植的临床研究；门静脉高压症的基础与临床研究
骨外　研究方向：骨与关节疾病防治及关节腱；骨与关节病损和修复；关节疾病的基础与临床研究；骨质疏松的发病机理及治疗研究
整形　研究方向：临床与基础研究；组织工程；基础与应用基础研究
神外　研究方向：颅内各区深部肿瘤；琐孔（微创）入路的解剖研究与手术治疗
胸心外　研究方向：心肌细胞的移植；胸部肿瘤的诊断与治疗研究

3. 儿科学
研究方向：儿童生长发育及其影响的研究；小儿先天性心脏病心血管外科治疗；小儿创伤代谢与营养支持；小儿白血病的临床与基础研究；小儿内分泌及遗传代谢病的发病机理研究

4. 神经病学
研究方向：神经变性疾病（帕金森病、阿尔茨海默病）的分子生物学研究；神经变性疾病的发病机制及治疗

5. 妇产科学
研究方向：不孕、流产、妊高症免疫病因、病机及诊疗研究；生殖健康领域不孕不育的治疗和预防意外妊娠

6. 眼科学
研究方向：眼底病、视觉生理、眼科激光；白内障、青光眼的基础与临床研究

7. 精神病与精神卫生学
研究方向：临床精神医学和老年精神医学；精神疾病临床及脑电生理研究；临床精神医学精神卫生学

8. 麻醉学
研究方向：临床麻醉、疼痛治疗、重症复苏；心脏病人围术期心、脑保护

9. 中西医结合临床
研究方向：内分泌代谢病的诊断与治疗及基因研究；中西医结合治疗慢性肾炎、糖尿病肾病