在“十一五”建设的基础上，优化学科布局，重点建设国家、上海市及“211工程”重点学科，优先资助交叉学科和新兴生学科，加强其他特色学科建设，争取更多的学科进入国家重点学科建设。根据我院学科建设的基础和具体情况，“十二五”期间我校重点学科建设的安排如下：
1、整合学科优势，凝炼学科方向，提升学科综合实力。我院附属单位和院系较多，优势学科和研究方向比较分散。“十二五”期间，以新一轮“211”和“985”工程建设为契机，以国家和上海市重点学科建设为重点，进一步优化学科布局，凝练学科的主攻方向，推进优势学科的整合，力争一级学科国家重点学科取得突破，新增6-8个二级学科国家重点学科，3个左右一级学科评估进入全国前3名；公共卫生与预防医学新增博士点，学科结构更趋完善，布局更加合理，优势更加突出，初步形成与冲击世界一流欧洲杯竞猜平台校相适应的重点学科与研究基地体系。
2、加强学科交叉与融合，推动新兴学科发展。发展新兴学科是增强学科竞争优势的重要手段。密切关注国际科学前沿，根据人类疾病谱的变化与医学模式的转变，通过加强学科间的相互交流与协作，联合开展科研攻关，促进医学与工学、理学以及基础医学与临床医学间的多层次学科交叉与融合，加快交叉学科研究机构或平台建设。重点围绕恶性肿瘤（白血病、消化系统肿瘤等）、心血管疾病、代谢性疾病（糖尿病等）和神经精神疾病（神经退行性疾病等）等开展以重大疾病为导向的系统生物学研究，将这些疾病的关键临床问题转化为科学问题，逐步构建转化医学、再生医学、远程医学信息传输、公共卫生等一批重大技术平台，推动医学与材料、信息、微电子、自动化、纳米、环境等学科的交叉融合，培育和发展一批新兴学科和边缘学科；同时，以重点学科为核心，积极拓展校内外合作渠道，增强各学科间的协作攻关能力及国际竞争能力。
3、加强基地建设，提高研究水平。在依托国家重大科技基础设施及“985”、“211”等重大专项的支持，组织建立转化医学、再生医学等学科技术平台的同时，积极争取上海市的项目资助，进一步改善和提升现有研究基地条件和装备水平，通过学科交叉和人才队伍建设，增强学科基地的技术服务功能和支撑水平，提升实验基地的综合实力，力争新增国家重点实验室1个，部级重点实验室1-2个，上海市重点实验室4个。多渠道争取资源扶持，重点推进实验动物科学部的设施和技术改造，力争建成具有现代医学检测设备及优秀科研团队的国际化大动物研究中心。
