2011年4月，卫生部国家临床重点专科建设项目申报工作启动后，我院各附属医院积极申报。经过前期的层层审核、公示、评估、答辩，最后我院附属医院中有18个专科被评为第二批国家临床重点专科。截止到目前为止，我院共拥有33个国家临床重点专科和2个国家临床重点专科培育项目。
日前，财政部、卫生部联合发文，对每个专科的建设下达一定的项目补助资金，专项用于支持医院解决以疾病诊疗问题为核心的专科能力建设，包括关键设备购置、相关人员培训和临床诊疗技术开发等。具体我院国家临床重点专科建设项目如下：

医院名称 项目数量 专科
附属瑞金医院 4 骨科（培育项目）
  检验科（培育项目）
  心血管内科
  血液内科
  内分泌科/重点实验室
  儿科（小儿消化专业）
附属仁济医院 2 心血管内科
  神经外科
附属新华医院 3 儿科（小儿呼吸专业）
  耳鼻咽喉科
  心脏大血管外科
附属第九人民医院 3 口腔（口腔修复专业）
  口腔（牙周病专业）
  口腔（口腔颌面外科专业）
附属第一人民医院 1 耳鼻咽喉科
附属第六人民医院 2 内分泌科
  耳鼻咽喉科
附属精神卫生中心 1 精神病科
附属胸科医院 2 心血管内科
  胸外科