国家口腔疾病临床医学研究中心于2016年7月由科技部等四部委联合发文立项。依托上海第九人民医院三级甲等综合医院的医教研整体实力和优势，中心以临床应用为导向，以口腔疾病防控为目的，以成果转化为重点，以协同网络为支撑，在建设过程中始终对标科技部六大任务，注重中心发展体系搭建。经过多年建设，中心各口腔科室全面开展临床研究项目，重点提升临床研究质量，规范临床研究实施，建设临床研究团队，加强与各分中心、核心单位及各学科专科联盟的沟通交流与资源共享，并将部分项目推广至分中心。全面推进科普工作，开展大型爱牙日活动和科普书籍编写工作，向公众传递权威、专业、高质量的口腔医学知识。致力于搭建智慧医联平台，建立中心官网、微信公众号和企业微信（口腔面对面、远程医疗和转诊会诊平台）为代表的口腔智慧医联平台，利用数字化技术对内对外开展远程医疗、人员培训、适宜技术推广、科学普及、健康扶贫、开放共享和多中心临床研究质量控制等，真正实现并发挥临床研究“国家队”的作用。

2022年10月，四部委联合对建设期已满三年的10家国家临床医学研究中心进行运行绩效评估工作，以我院为依托单位建设的国家口腔疾病临床医学研究中心为获评优秀的三家中心之一。

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