根据中国科学技术信息研究所2009年11月27日公布的2008年度中国科技论文统计结果，我校医学学科被SCI收录论文645篇，比上年度增长34.7%，首次名列全国高校第1位（2007年，421篇，第2名）；浙江大学（569篇）、北京大学（491篇）分别为第2、3名。SCI收录论文全国医疗机构前20位排名中，附属瑞金医院（169篇）、第六人民医院（115篇）、第九人民医院（90篇）分列第7、12、17位。首次发布“表现不俗”SCI收录论文全国医疗机构前20位排名中，附属瑞金医院（22篇）、第一人民医院（9篇）、附属仁济医院（8篇）、第六人民医院（7篇）分列第2、15、18和20名。“表现不俗”论文指被引用次数高于所在学科的篇均被引次数的世界平均值。