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全健康论坛第22讲:Oxford Nanopore测序技术最新研究进展及场景应用

作者:陈祎雯   发布时间 :2023年05月16日

为加强全球健康学院全健康公共技术平台建设,有力推进学院探索病原在人类-动物-环境界面的发生与传播机制、防控救治、资源调配等方面的科学研究,近日全球健康学院配备了一套三代全基因组测序仪。2023年5月5日上午,学院特邀纳米孔测序技术工程师:上海柏辰生物科技有限公司ONT项目组邵林主讲全健康论坛第22讲,主题是“Oxford Nanopore测序技术最新研究进展及场景应用”,全球健康各院系师生参加本次论坛。

工程师首先向大家介绍了目前在科研过程中较为常见的几项测序技术,概括了一代、二代、三代测序的各自特点。其中,三代测序如PB,具有读长较长,准确度较准,但操作复杂、周期长的特点,同时指出Nanopore技术基于电流信号的方式,具有读长无限制,通量高、准确度较准、且操作简单的特点,可以产生充足的基因组数据信息。接着,他展示了Nanopore测序技术在人类健康、技术研究、动植物基因组组装、病原微生物、环境微生物、癌症基因组以及教育等方面的具体应用。详细阐述了Nanopore纳米孔测序的建库原理,其核心是蛋白纳米孔,人为改造后仅允许DNA/RNA单链通过,通过马达蛋白来进行解旋和控制DNA/RNA单链通过纳米孔的速度,过孔同时产生特异性的电流信号,通过内置算法,实时识别碱基。因此具有测序片段长度无限制、实时分析的特点。

而后,工程师简要描述了通过连接测序试剂盒来进行DNA文库制备的操作方法,主要原理是提取高分子量基因组DNA进行末端修复,再连接测序接头,然后上机检测。此外,就GridION仪器的详细介绍、操作步骤包括芯片的质检、上机操作、仪器的控制和数据的转化、实操运行及软件的使用展开了详细的介绍。

最后,工程师介绍了芯片的具体区域划分及芯片的使用方法和注意事项,并针对大家提出的问题进行了详细的解答。在工程师的指导下,全球健康师生完成了第一次的DNA文库制备和上机操作,取得圆满成功。

此次论坛的顺利开展丰富了学院师生对最新测序技术的了解,为我院三代测序平台的建立打下坚实基础。下一步,全球健康学院公共技术平台将继续扎实开展人员培训,储备技术力量,为学院全健康科学研究提供强力支撑。





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