基因工程小鼠实验与分析平台为免疫所和校内外各单位提供小鼠相关分析服务，平台主要拥有显微观察和操作系统、小鼠内窥镜系统和小动物能量代谢监测系统，可用于小鼠胚泡显微注射、活体小鼠肠道分析和小动物能量代谢综合监测。

显微观察和操作系统：由OLYMPAS显微镜和操作系统、注射针拉制仪、锻烧仪和磨针仪等组成。可用于小鼠等哺乳动物胚泡的显微注射，还可用于各种大分子物质(包括DNA片段、信使核糖核酸、蛋白质、激素、荧光抗体及染料等)向细胞或细胞核内的显微注射等。

小鼠内窥镜系统：卡尔史托斯肠道内窥镜（KARL STORZ H3-Z SPIES），可对小鼠肠道进行活体观察和分析，并通过照片和视频等记录肠道发育情况和肠炎肠癌等病理情况。

小动物能量代谢监测系统：本系统为美国哥伦布公司（Coulumbus Instruments）生产的小动物能量代谢监测系统（CLAMS），拥有能量代谢监测模块、喂食监测模块、饮水监测模块、活动XZ轴模块和跑轮模块，可以在设定条件下对小鼠等进行开路测定能量代谢，活动，喂食，饮水，跑轮，尿液收集，体温，心率等。该系统可广泛应用于营养、肥胖和糖尿病等内分泌与代谢相关性疾病研究。